O Iate Clube do Rio de Janeiro é regido por três poderes: a Assembleia Geral, o Conselho Deliberativo e a Comodoria. A Comodoria é o órgão executivo da estrutura do clube, competindo-lhe aplicar e fazer aplicar as disposições do "Estatuto Social e Regimentos Complementares", bem como as resoluções do Conselho Deliberativo e as suas próprias e, ainda, os instrumentos de administração que lhe são subordinados.

Três cargos compõem a Comodoria: Comodoro; Vice-Comodoro; Contra-Comodoro. O Comodoro é quem preside a Comodoria e a Diretoria, toma decisões importantes em relação a diversos âmbitos, além de representar o clube ativa e passivamente, em suas relações com terceiros em juízo ou fora dele.

O notável cargo faz com que os nomes dos seus ocupantes também sejam um marco na história do ICRJ. Nesses quase 100 anos de existência, 24 sócios já cumpriram a missão, sendo o fundador do clube, Arnaldo Guinle, quem permaneceu por mais tempo no posto: 23 anos. As próximas eleições da Comodoria acontecem em março de 2020.